1.大体检查黏膜无改变或表现为黏膜的平坦、不规则形、斑片样、结节状、息肉、糜烂或溃疡。 组织学上根据细胞学和组织学结构的非典型性的程度进行分类。分为无异型增生、异型增生不确定、低级别异型增生、高级别异型增生。
2.Barrett食管无异型增生：柱状上皮呈化生性改变，有或没有杯状细胞，伴退变。隐窝轻度出芽、分枝；腺体间有较多的固有层。深部腺体可见核分 裂像及核的复层化。表面腺体比深部腺体成熟，但部分表面腺体黏液丢失；表面上皮细胞的核/浆比比深部腺体细胞的核/浆比小。单个细胞核的核膜光滑，核仁小而光滑。
3.Barrett食管，异型增生不确定（IND）：是指诊断异型增生有有困难的病变。表现为隐窝深部细胞学改变提示异型增生，但表面成熟。IND病例结构 可正常或腺体有一定程度的拥挤。细胞学病变部位核深染、核膜不规则，深部核分裂像增多，向表面逐渐成熟。常伴有溃疡或炎症。
4.Barrett食管，低级别异型增生：低倍镜下表面上皮的形态与深部腺体的形态相似，表面上皮有轻度成熟现象。腺体结构轻度到明显扭曲，腺体拥 挤，腺体间固有层可辨。细胞学的改变至少灶性延伸至表面上皮。有非异型增生上皮和异型增生上皮之间的突然转变。浅表层上皮的核不规则、深 染、轻度增大，或复层化及黏液丢失。表面上皮及接近表面的上皮可见核分裂像。可以有超过轻度的细胞核增大，但病变的其他特点需支持低级别 异型增生。低级别异型增生也可有类似于结肠腺瘤中复层化的核，可出现于表面上皮。炎症一般很轻。
5.Barrett食管，高级别异型增生：结构上表现为细胞形态异常的腺体拥挤，或明显的腺体结构扭曲伴拥挤、腺体间固有层极少。表面上皮不成熟。可 以表现为细胞学特点改变明显，结构改变较轻。细胞核显著增大、深染；核染色质呈细小块状或大而不规则块状染色质；核仁不明显或不规则的核 仁。核的改变累及表面上皮；核的极性消失，核分裂像易见。典型病变中炎症较轻。
黏膜内腺癌：浸润性成分穿过基底膜到固有层。