1. 多数病例肿瘤呈腺泡状、实性巢团状、梁状、带状、实性乳头状结构，癌巢周围细胞呈栅栏状排列，也可呈菊形团样结构；
2. 一般细胞丰富，间质少（黏液型除外）。细胞排列紧密，界限不清楚；
3. 细胞形态较一致，多形性不明显，异型性轻。核圆形或椭圆形，染色质细腻，核仁不清楚。少数病例核形不规则，可见核沟。细胞胞质丰富、淡粉染或呈粉红色；
4. 不同病例细胞形态不同，同一病例也可有不同细胞混合组成。主要细胞类型有透明细胞、浆细胞样细胞、印戒样细胞、梭形或短梭形细胞及燕麦细胞
5. 黏液型间质和/或细胞内可见黏液；
6. 个别病例间质伴破骨样细胞反应；
7. 可同时存在癌前病变(神经内分泌导管原位癌);
变异型/亚型：
1. 高分化神经内分泌癌（类癌）
1） 发病率很低，占乳腺恶性肿瘤的1.6％；
2） 癌细胞呈巢状排列，常形成器官样结构，可见微腺腔或菊形团，常见栅栏状结构；
3） 细胞大小形态一致，胞质淡染，粉红色，或呈颗粒状。核圆或卵圆形，染色质细，核分裂像≤1个/10高倍视野。
4） 一般无坏死，间质较多，有的发生玻璃样变。
2. 小细胞癌
1） 肿瘤呈实性片状或弥漫性浸润性生长，少数有器官样结构；
2） 癌细胞体积小，呈圆形、短梭形、燕麦形，大小一致，如鱼群一样向一个方向排列。胞质少，胞核深染，核分裂易见。
3） 常见大片块状坏死。
3. 大细胞型神经内分泌癌(large cell neuroendocrine carcinoma)：
1） 约占乳腺癌的2％～5％，好发年龄为60~70岁；
2） 肿瘤由拥挤的簇团状大细胞组成，细胞异型明显，可呈梭形、多边形、不规则形。癌细胞胞质中等或丰富；核泡状，染色质颗粒细腻，核分裂常 >20个／10HPF
3） 有局灶性坏死；
4） Ki-67阳性指数大于20％。
4．神经内分泌导管原位癌
1） 在导管原位癌的形态背景上50％以上的癌细胞表达一种以上的神经内分泌标志物
2） 多数病例呈实性片状结构，富于纤维血管间隔。在实性片状结构内可见小灶胶原物质沉积，周边常伴微腺样腔隙。也可有漩涡状或栅栏状结构
3） 肿瘤细胞形态较温和，呈多边形、卵圆形或梭形，通常仅为轻到中度异型；胞质丰富，呈颗粒状或透明样，细胞核卵圆形，淡染，可见典型的印戒细胞样细胞。
4） 肿瘤间质较少，常为纤细的纤维血管性间质。
5. 免疫组织化学染色：表达CgA、Syn、NSE、CD56中的项或多项，约20％的乳腺小细胞癌表达TTF-1，大部分高分化乳腺神经内分泌肿瘤表达ER和PR，Her2通常为阴性
Sapino等提出下列形态学特征提示有神经内分泌癌的可能：
1） 细胞呈实性片状排列，周围有栅栏状结构，或者由纤细的纤维血管分隔的岛状排列；
2） 黏液分化，细胞内黏液或细胞外黏液；
3） 低级别核级。