1. 总体患病率约49/ 100,000人，但任何年龄均可发病，亦可见于儿童。男女发病比例约1:3至1:9。临床慢性复发性水样非血性腹泻、腹痛、体重减轻、恶心及不明原因的虚弱，不典型的临床表现包括便秘或便秘与腹泻交替（儿科中常见）。
2. 大体常表现正常或接近正常。
3. 组织上可见上皮下增多的胶原沉积，不只是基底膜的增厚，胶原带≥10μm（平均10-20μm），隐窝之间上皮下非常明显，诊断时没有必要精确的测量。胶原带下缘锯齿状、不规则，胶原带包绕固有层的毛细血管、炎症细胞、红细胞及纤维母细胞胞核。
4.上皮内淋巴细胞增多，100个表面上皮细胞 > 10个上皮内淋巴细胞（正常情况下< 5-10个），避免评估淋巴滤泡附近上皮，CC中上皮内淋巴细胞数不是诊断的必需条件。固有层中慢性或混合性炎细胞浸润，淋巴细胞及浆细胞增多，可含有肥大细胞，嗜酸性粒细胞亦可显著增多（表面及隐窝上皮的浸润），炎症的程度与腹泻的严重性相关，可指导治疗及预测反应性。
5. 表面上皮受损及退行性变，表面上皮被下方的胶原分离，为CC的特征性改变（或人为导致），表面扁平，黏液缺失或减少。核极向不规则、核固缩及凋亡增多。上皮内或固有层少量中性粒细胞浸润，隐窝大小及形态正常，少数可见扭曲。
6. 部分病例胃或小肠可见上皮下增厚及不规则胶原带，回肠绒毛萎缩，上皮内淋巴细胞增多，表面上皮受损。
7. 胶原性结肠炎的不典型组织学亚型
1）炎症性肠病样（ IBD-LIKE)胶原性结肠炎，局灶隐窝炎、隐窝脓肿及潘氏细胞化生，少数分支状隐窝及结构扭曲，溃疡/糜烂常表明其他原因如NSAIDs等）。
2）微小结肠炎（MC）伴肉芽肿性炎，固有层内可见多核细胞及巨噬细胞。
3）假膜性胶原性结肠炎，表面可见纤维脓性渗出，可能由毒素或缺血导致。
4）不完全MC或非特异性MC，30%患者伴慢性水样腹泻，上皮内淋巴细胞（IEL）或胶原带厚度不及诊断的阈值，约30%随访活检中将被诊断MC。
1. 淋巴细胞性结肠炎：上皮内淋巴细胞增多，无上皮下胶原增厚，固有层大量的浆细胞，嗜酸性粒细胞较少，常显示MC的两种形式混合（50%的CC及25%的LC常见混合）。
2. 炎症性肠病：常位于年轻患者，伴血样腹泻及疼痛，内镜下可见糜烂及溃疡，急性炎症、隐窝炎及隐窝脓肿，显著的结构扭曲，基底部淋巴浆细胞增多，肉芽肿性炎及幽门腺化生，IBD与CC并不互相独立，有文献报道两者之间可以转化。
3. 淀粉样物或淀粉样变性：刚果红染色阳性，炎症无增多。
4. 硬皮病：固有肌层纤维化，无IEL增多。
5. 缺血性结肠炎：固有层玻璃样变/纤维化，无上皮内淋巴细胞增多。
6. 急性感染性结肠炎：急性水样腹泻 > 4 weeks，隐窝、固有层弥漫显著中性粒细胞浸润，无上皮内淋巴细胞浸润及无上皮下增厚的胶原带。
7. 增生性息肉：上皮内胶原带轻度增多，息肉状形态，表面上皮锯齿状。
8. 放射性结肠炎：固有层纤维化/硬化，毛细血管扩张。
9. 肠道激惹综合征（IBS）：症状与MC有重叠，但形态正常。
10. 黏膜下垂（Mucosal Prolapse）：肌层增厚，隐窝扭曲，IEL无增多，固有层深部纤维化。