1. 发病率约0.01%，患病率约0.3%，发病高峰年龄为11-30岁，女性多见。临床三联征：腹泻、腹痛及体重减轻。
2. 最常见部位为回肠末端，可因肠管狭窄导致梗阻，可见穿孔、出血（裂 隙状黏膜溃疡）及瘘形成。
3. 组织上病变呈跳跃式，受累肠管之间的黏膜正常，可见全层炎症及各种后续改变。正常黏膜之间炎症性病变由混合性淋巴细胞、浆细胞、中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、巨噬细胞及肥大细胞组成。特征性的是淋巴细胞及浆细胞浸润，位于固有层的深部（基底淋巴浆细胞增多），导致隐窝减少（未到达黏膜肌层），上皮性隐窝周围可见淋巴组织聚集。固有层中性粒细胞细胞灶状分布，浸润性上皮（隐窝炎）位于正常隐窝附近，黏液减少。隐窝脓肿在数量及质量上不及溃疡性结肠炎。
4. 裂隙样溃疡界限清楚的小的病变，表面及周围淋巴组织聚集，隐窝或表面上皮附近中性粒细胞浸润，微脓肿形成，溃疡小且基底窄（与UC相比），可融合成大的、可视的溃疡或深裂隙。
5. 透壁性炎症较深的瓶颈状或刀割样溃疡，延伸至黏膜下或肌层，衬覆体积较大的组织细胞或异物巨细胞，活检可能仅显示肉芽组织等。透壁性淋巴组织聚集，可显示生发中心及混合性浆细胞，多数位于黏膜与黏膜下交界区及浆膜下，串珠状线样分布。
6. 肉芽肿出现于40-60%切除标本及25-40%活检的标本。固有层隐窝之间可见微肉芽肿（黏膜内），小紧密排列的组织细胞聚集，常位于淋巴浆细胞炎症中，需要排除异物及隐窝破坏后肉芽肿。或形成上皮样肉芽肿（肉瘤样）呈非坏死性，伴巨细胞及淋巴细胞性边缘，多出现于黏膜下及浆膜下，位于远端结肠，常邻近血管或淋巴管。40%-50%的CD病例中淋巴结内可见肉芽肿。
7. 性假息肉形成：溃疡之间残余的片状黏膜伴有水肿及纤维化的息肉样肉芽组织，表面可见再生的上皮。
8. 慢性黏膜改变 病程较长者同时可见炎症、损伤及愈合改变。不同大小及形态的隐窝，结构扭曲，极向紊乱（不与黏膜肌层垂直），隐窝分支形成、数量减少，最后隐窝越来越少，小肠可见绒毛萎缩及呈棒状改变，潘氏细胞不规则增生。
9. 可见化生性改变，潘氏细胞化生、胃表面（小凹）化生及幽门腺化生。幽门腺化生黏膜深部小圆细胞簇，被认为是修复的结果，胞浆内可见透明黏液空泡，类似于黏液性胃窦腺。
10. 肥大及纤维化：肌层肥大（黏膜肌层及固有肌层），黏膜肌层增厚或均匀复制，肥大的肌层束类似平滑肌瘤。神经丛的神经节细胞增多及退行性变，形成息肉样改变（神经肌样错构瘤）。黏膜下及浆膜下纤维化及脂肪沉积，胶原沉积增多导致纤维化及狭窄，浆膜下纤维化带叶状分割增生的脂肪组织。
11. 血管改变 内皮损伤、内膜及中膜增生，壁血管通常可见小动脉邻近裂隙周围，可能是CD损伤的重要机制，可见血栓、肉芽肿及纤维素性血管炎，主要与胃肠系统性血管炎鉴别。黏膜下可见淋巴管扩张。