1. 临床可见腹泻、发热、体重减轻、腹痛、肠套叠（与回肠及回盲部肠套叠相关，尤其是儿童，常常肠套叠手术后发现腺病毒感染）。

2. 大体肠常表现正常，阑尾可见淋巴组织增生。

3. 组织上结肠表面上皮细胞排列紊乱、脱落，可见凋亡。阑尾淋巴组织增生，表面上皮退行性变。

4. 特征性病变为核内病毒包涵体，通常位于表面上皮细胞，多数位于杯状细胞，圆形至新月形，包涵体充满整个胞核，但细胞无增大。"污秽"细胞是最常见的包涵体，增大的嗜碱性核包涵体，无清晰核膜。少数可见均匀一致嗜酸性包涵体伴核周空晕。阑尾中很难找到包涵体。

1． 巨细胞病毒（CMV）：表面上皮内新月状腺病毒包涵体，包涵体含有“枭眼”样表现。腺病毒包涵体位于核内，CMV包涵体位于胞核及胞浆，若不确定，可进行免疫标记染色进一步明确。

2． 单纯疱疹病毒（HSV）：HSV包涵体常位于鳞状上皮核内，常多个，相关的中性粒细胞浸润，免疫标记可明确。

3． 移植抗宿主疾病（Graft-vs.-Host Disease）：腺病毒与移植抗宿主疾病都有凋亡，诊断移植抗宿主疾病之前需要是否存在包涵体。