1. 临床可见吞咽困难、吞咽疼痛、胸痛、恶心、呕吐、发热、上消化道出血，肛门直肠症状（疼痛、里急后重、肛门分泌物或出血及发热），神经系统症状（小便困难、感觉异常），腹股沟淋巴结肿大。免疫功能正常人群该病属于自限性疾病，免疫功能低下的人群具有传播的风险的，甚至危及生命的感染（仅少数）。

2. 大体上食管溃疡较浅，界限清楚，伴相关性渗出，病变早期内镜下可见邻近的囊泡，临近的溃疡可融合成较大溃疡，部分患者存在非特异性糜烂性食管炎。肛门周围可见小水疱、脓疱及浅溃疡，水疱可延伸至肛管及远端直肠。

3. 组织学上可见溃疡、渗出伴上皮细胞脱落，中性粒细胞浸润，巨噬细胞聚集。可见血管周围淋巴细胞套（肛门直肠感染时更显著）。脱落的黏膜及溃疡边缘黏膜可见特征性的包涵体，包涵体位于核内，单个或多个，Cowdry A型：嗜酸性包涵体伴周围空晕，Cowdry B型：均质玻璃样包涵体。

4.部分患者可见多种感染性病原体，常见念珠菌或CMV，少数可见3种感染。

1. 巨细胞病毒：核包涵体含有“枭眼”形态，可见于核内及浆内，多数位于间质及内皮细胞，而非上皮。

2. 腺病毒：包涵体位于腺样黏膜的表面上皮内，似乎倾向于杯状细胞核，低倍镜下表面结构紊乱可能引起不典型，溃疡罕见。

3. 带状疱疹/水痘：组织学上不易鉴别，患者常有皮肤带状疱疹及水痘。

4. 反应性改变：反流可引起鳞状细胞多核表现，类似HSV多核细胞，无真正的包涵体，免疫组化可以鉴别二者。