1. 临床常见腹泻（水样、黏液样及非血性）伴吸收不良、体重减轻及厌食症、腹痛、恶心及呕吐、萎靡不振及发热，免疫正常的患者症状常较重。

2. 组织上小肠绒毛轻度萎缩，表面上皮结构紊乱，核极性消失。表面上皮内淋巴细胞轻度增多，隐窝及表面上皮可见凋亡，固有层可见不同程度的炎症但不显著。

3. 微生物常位于上皮细胞的上1/3，改良的抗酸染色（Kinyoun）阳性，虫空泡中见圆形（2-3μm）及新月形（5-6μm）繁殖子，类似等孢子球虫但更小。

1. 等孢子球虫：球虫中体积最大的（15-20μm），上皮细胞及巨噬细胞微生物周围可见显著虫空泡，裂殖体及裂殖子新月形或香蕉状，生殖的形式为圆形伴显著胞核及核仁。Giemsa、PAS及GMS可突显微生物，但对诊断非必需。

2. 隐孢子虫：圆形嗜碱性微生物（2-5μm），上皮细胞腔面顶端的突出使微生物感觉在细胞外。Giemsa及Gram可突显微生物，但对诊断非必需。

3. 微孢子虫：体积最小的球虫（孢子2-3μm），位于上皮细胞核上胞浆内，偶见于巨噬细胞内，有时偏振光下可见双折光，Giemsa、Brown-Brenn及改良的三色染色可突显孢子。

4. 正常黏膜：改变比较轻微时需要仔细微生物，球虫之间的区分是相当大的挑战。