1. 临床可见腹泻（非血性及非黏液性），呈慢性常伴脱水、吸收不良及体重减轻。CD4阳性的T细胞数偏低的患者更易出现症状。
2. 小肠为感染的常见部位，但全胃肠道均可受累，包括胆道系统，可引起硬化性胆管炎。内镜检查常正常。
3. 组织学上常接近正常的组织，局灶可见轻度绒毛萎缩（变钝），空泡可能呈“杯状”或位于扁平肠上皮细胞核上极。
4. 固有层片状淋巴浆细胞性浸润，不定量的上皮内淋巴细胞增多，表面上皮排列不规则。微生物可见2-3μm小的孢子，位于上皮细胞核上胞浆内及偶见于固有层巨噬细胞内，可现HE染色的双折光，但HE切片难以被察觉。改良的三色染色有助于诊断，亦可被银染。
5. PCR检测可显示更高的敏感性及特异性。