1. 恶性卵巢甲状腺肿诊断标准不清楚，是否采用和甲状腺一样的标准还有争议；

2. 采纳形态学的“透明的核、核重叠、核内假包涵体和核沟”应用于卵巢甲状腺肿发生的滤泡型甲状腺乳头状癌(FVPTC)可能存在病理医生个体间的差异。应该注意，卵巢肿瘤即使在仅有轻度异型核特征，也具有转移的能力；

3. 将甲状腺正常部位所使用的诊断标准用于卵巢甲状腺肿内的滤泡性癌(肿瘤浸润卵巢皮质伴卵巢浆膜生长及血管侵犯)也有问题，因为卵巢缺乏真正的包膜。此外，存在组织学上符合卵巢甲状腺肿的卵巢肿瘤，也可能卵巢外转移或复发，而且转移或复发灶在组织学上分化很好，有人将这种卵巢肿瘤称为“高分化滤泡性癌”；

4.  对任何有疑问的以甲状腺组织增生为特征的卵巢肿瘤，应广泛取材。