几乎全部阳性（≥95%的病例阳性）：
CD34、MLH1、MSH6、PMS2通常阳性（<95%，≥75%的病例阳性）：
P53、MSH2经常阳性（<75%，≥55%的病例阳性）：
CA19-9、CK7、Vimentin有时阳性（<55%，≥35%的病例阳性）：
PRP、P16少数阳性（<35%，≥15%的病例阳性）：
CEA-M几乎全部阴性（<5%的病例阳性）：
CD146、Hep-Par1、ProEx C、SF1、CEA-P、CD163、CK201. 多见于绝经后老年妇女；
2. 肿瘤呈实性、乳头状、管状和囊状结构，各种结构比例变化很大，可以以一种结构为主；
3. 乳头结构典型结构为短而圆，通常伴玻璃样变间质；
4. 管囊状区域表现为多样的腺体融合和囊性结构；
5. 细胞形态多样，包括立方形、鞋钉样、扁平等，胞质透亮或嗜酸性，但鞋钉样细胞和胞质透明均不是透明细胞癌诊断的必要条件；核分裂多少不等，大多数病例<6/10HPF；
6. 实性结构常由大量透明细胞混杂嗜酸性细胞组成，而乳头状、管状和囊状结构主要由鞋钉样细胞组成（核大，突出于腺腔），其间散在透明和嗜酸性细胞；囊状结构多见衬覆扁平细胞；
7. 细胞异型性、多形性不一致，但最少有部分细胞为高级别核，表现为细胞核大，明显多形性，多数病例核分裂像多见，并可见病理性核分裂像；
8 近2/3病例可见PAS阳性且耐淀粉酶消化的细胞内和细胞间透明小体，类似于卵黄囊瘤中的透明小体；
9.高柱状细胞，显著的核复层排列、腺管腔内乳头状或细胞袢、腺腔内游离细胞簇不是透明细胞癌的特点，通常无或仅局部存在。
10. 肿瘤内乳头状区域可有砂粒体。
呈实性生长的子宫透明细胞癌
透明细胞癌呈乳头状生长，乳头轴心含有基底膜样嗜酸性物质
透明细胞癌排列像分泌期子宫内膜腺体，需要跟分泌型的子宫内膜癌鉴别
透明细胞癌有时候细胞质可以嗜酸性（细胞质红）所谓的嗜酸性亚型。
透明细胞癌napsinA染色弥漫阳性
这个透明细胞癌起源于息肉，呈腺体生长，穿插在正常的腺体之间（萎缩成囊状）
透明细胞癌的间质有时候可见大量的基底膜样物质，是一个很好的诊断线索
透明细胞嗜酸性亚型：细胞质嗜酸性(红），但是可见乳头结构含有基底膜样物质
这个透明细胞癌形成腺体，核多层但是鞋钉样表现很明显
1. 表达广谱CK、CK7, EMA；
2. CA-125、BerEP4、B72．3和vimentin，CK20和WT1常为阴性， CEA阴性或弱阳性， ER、PR常阴性。
3. napsinA和HNF-1beta是最新的比较好的标志物,阳性率分别为67-100%和56-93%，可以用来鉴别透明细胞癌跟子宫内膜样癌和浆液性癌；75-88%病例表达P504S，22-72%异常表达p53.
1. 子宫内膜样癌伴有透明细胞质包括分泌型子宫内膜样癌：宫内膜样癌可以出现乳头结构，但是乳头轴心不会有基底膜样物质；ER和PR在子宫内膜样癌一般是阳性的，而在透明细胞癌基本上是阴性的。伴有透明细胞质的子宫内膜样癌大约14%的病例也可以napsinA阳性，主要是在透明细胞区域，而且阳性细胞数一般少于50%。
2. 伴有透明细胞质的浆液性癌：子宫
3. 嗜酸性亚型也需要跟子宫内膜样癌和浆液性癌鉴别。
2. 浆液性癌 ：
1）浆液性癌常缺乏管状、囊性，也很少实性结构
2）浆液性癌缺乏胞质透亮的细胞；
3）浆液性癌一般没有玻璃样变间质；
4）有些病例可见两种类型癌的混合；
5）高级别浆液性癌基本上p53是突变的，所以p53染色基本上是弥漫强阳性或者什么都不染色（突变后没有p53蛋白产生,所以染色没有细胞阳性），而透明细胞癌只有25-30%的病例p53突变；
6）p16在子宫浆液性癌是弥漫强阳性，而且染色强度一致，透明细胞癌大约25%出现p16弥漫阳性但是染色强度有差异；
7）napsinA在子宫高级别浆液性癌基本不阳，而75%的子宫透明细胞癌阳性。
3. 子宫内膜卵黄囊瘤
1）. 子宫卵黄囊瘤罕见，常发生于年轻女性，而透明细胞癌多发生于绝经后；
2）. 卵黄囊瘤特征性地含有S-D小体，而透明细胞癌则没有；
3）. 卵黄囊瘤可伴有血清AFP升高，免疫组化肿瘤细胞可表达AFP。