肝结核占结核感染的1%。临床上原发性结核中，肝脏受累常为散播性结核的一部分，常见碱性磷酸酶升高及低钠血症。结核球合并肉芽肿形成，类似肿瘤形成，胆管受压可引起梗阻性黄疸，门静脉受压可引起门静脉高压。免疫低下的患者，结核表现为消耗性综合征，可形成结核脓肿。结核胆管炎（罕见）可见胆管狭窄及梗阻性黄疸。

大体上部分病例肉眼不易被察觉；结核瘤呈不规则结节及奶酪样。

组织上原发性结核可见大量肉芽肿伴中心无定形颗粒状坏死碎屑（干酪样坏死），重新激活的结核累及肝脏可见大量肉芽肿及多数无中心坏死，结核瘤由融合的肉芽肿组成及含有少数微生物。免疫抑制患者的结核显示形成不良的肉芽肿或泡沫状组织细胞聚集伴不计其数的微生物。结核性脓肿的中心呈化脓性改变及可见大量微生物。

辅助检测约60%病例显示抗酸染色阳性；PCR敏感性约53-88%及特异性可达96-100%。

结节病  可见大量非坏死性肉芽肿。

药物诱导性肝损伤  显示非坏死性肉芽肿，常与胆汁淤积性肝炎及胆管受损有关。

真菌感染  需要银染及真菌培养帮助诊断。

细菌感染  可形成坏死性肉芽肿（根据细菌而定），需要借助细菌培养、组织化学染色及PCR。

其他分支杆菌  需要结合临床特点、分支杆菌培养或PCR检测。