1. 占儿童及成人活检肾炎的3%，主要发生于7-30岁，< 2或> 50岁罕见，男女发病无性别优势，临床可见蛋白尿、血尿及高血压，可见肾静脉血栓。
2. 大体上可见苍白肾，晚期可见小颗粒状肾。
3. 组织上呈叶状及富于细胞，血管壁增厚及系膜物质增多。系膜细胞迁入血管壁周围（GBM及内皮细胞之间），部分或环周受累，产生“电车轨道”或继发于基底膜合成的基底膜双层（PAS及银染易于识别），伴（或无）内皮下免疫沉积（PAS阳性，JMS非嗜银及三色染色示嗜品红）。或伴硬化性系膜结节，约20%可见新月体出现，或伴中性粒细胞及巨噬细胞，有时可见毛细血管腔内免疫复合物玻璃样聚集。III型银染显示缺损的GBM伴破坏呈“口咬”样或“鞋钉”。不同程度间质纤维化伴小管萎缩、炎症及水肿改变，间质泡沫细胞浸润，红细胞管型可见，非特异性血管改变。
4. 免疫荧光 MGN I型的血管壁及系膜可见经典C3，亦可见颗粒状C3、IgG及早期补体（C1q 及C4），高倍镜下免疫荧光可见轨道模式。MPGN III型具有相似的改变，约50%病例存在IgG及C3，约50%仅显示C3（因此被归入“C3肾小球肾炎/肾小球病”）。
1. 致密沉积疾病（DDD）电子显微镜显示高电子致密沉积物，免疫荧光显示小管基底膜沉积，少数可见显著免疫球蛋白（10%）。
2. 混合性冷球蛋白血症 肾小球毛细血管袢可见PAS阳性的假性血栓，可见冷球蛋白。
3. 感染性疾病 病史、体格检查及临床实验室检测有助于感染性疾病的诊断，细菌、病毒或其他。
4. 系统性红斑狼疮 ANA及抗双链DNA抗体阳性，免疫荧光显示“满堂亮”染色模式，颗粒状TBM沉积，电子显微镜可见管网状结构及排列有序的沉积。
5. Sjögren综合征 ANA、SSB/La（特异性高）及 SSA/Ro阳性。
6. 血栓性微血管病（TMA）GBM双轨但缺乏免疫球蛋白沉积（除了IgM），内皮下电子透明絮状物沉积而非电子致密沉积。
7. α-1抗胰蛋白酶（A1AT）缺陷 发展为MPGN之前可见严重肝脏疾病或肝硬化，内皮下可见A1AT沉积及PiZ蛋白，肝移植之后肾小球损伤可能会逆转，多数病例可见异常表型的蛋白酶抑制剂基因ZZ（PiZZ），PiMM具有正常蛋白酶抑制剂（Pi）表型。可发生于儿童早期，属于常染色体隐性遗传，随着年龄的增长，严重程度加重。
8. 慢性/急性抗体介导排斥反应 GBM显著双轨症（移植性肾小球病），最少量的Ig及C3沉积及电子致密沉积，常见C4d沉积于小管周围毛细血管及供体特异性抗体。
9. 慢性肝病 由于补体异常导致的MPGN，沉积常为电子透明（类似脂质），非免疫沉积。
10. 异常蛋白血症 轻链沉积导致GBM增厚，补体染色阴性，因为无免疫复合物沉积。重链沉积可见单一重链（γ为主,，少数为α），或伴补体着色（C3及C1）。纤维性肾小球肾炎以多克隆IgG及补体为主，系膜及GBM的纤维（16-24 nm）方向随机。触须样免疫性肾小球病（Immunotactoid glomerulopathy）可见多克隆免疫球蛋白及直径30-50 nm的管状纤维结构 。无定形淀粉样物常呈典型刚果红阳性。
11. IgA肾病及Henoch-Schönlein紫癜 可见MPGN型模式，IgA、C3阳性，C1q很少阳性，lambda阳性更常见。
12. 肿瘤相关肾小球肾炎 白血病及淋巴瘤（有时伴冷沉球蛋白血症）、癌、肉瘤、Wilms瘤相关，恶性肿瘤治疗后MPGN可消除。