1.辅助甲状腺乳头状癌(+)与滤泡癌的鉴别诊断。
2.细针穿刺细胞HBME-1阳性支持甲状腺癌的诊断，阴性不能排除
3.恶性间皮瘤及腺癌的鉴别论断，特异性较差，两者均可阳性，恶性间皮瘤呈典型的细胞厚膜阳性，腺癌中呈薄膜或胞浆阳性；
4.在脊索瘤和脊索肉瘤、滑膜肉瘤HBME-1+(双向分化上皮成分几乎阳性，单向分化上皮成分约40%阳性）。
几乎全部阳性（≥95%的病例阳性）：
软骨肉瘤、滑膜肉瘤，双向型、脊索瘤、蜕膜样间皮瘤、高分化乳头状间皮瘤、卵巢浆液性癌、甲状腺巨滤泡型乳头状癌、甲状腺腺鳞癌、多形性腺瘤通常阳性（<95%，≥75%的病例阳性）：
上皮样间皮瘤、间皮瘤，NOS、甲状腺乳头状癌、间皮增生、局限性恶性间皮瘤、子宫内膜腺癌、腹膜原发性腺癌、甲状腺滤泡型乳头状癌、甲状腺岛状癌经常阳性（<75%，≥55%的病例阳性）：
甲状腺滤泡性癌、骨外黏液性软骨肉瘤、间皮瘤，双向分化、胆管癌、肺腺癌有时阳性（<55%，≥35%的病例阳性）：
滑膜肉瘤，单向分化，纤维型、甲状腺未分化癌、胰腺导管腺癌少数阳性（<35%，≥15%的病例阳性）：
淋巴细胞性甲状腺炎（乔本甲状腺炎）、良性胸腺瘤、黏液表皮样癌、垂体腺瘤、垂体腺瘤，促性腺激素阳性、垂体腺瘤，分泌促甲状腺激素、垂体腺瘤，分泌促肾上腺皮质激素、垂体腺瘤，分泌卵泡刺激素、垂体腺瘤，分泌泌乳素、垂体腺瘤，分泌生长激素、垂体腺瘤，裸细胞、卵巢黏液性囊腺瘤、卵巢黏液性癌、乳腺浸润性癌，非特殊类型、去分化软骨肉瘤、甲状腺嗜酸细胞腺瘤、甲状腺嗜酸细胞腺癌、胃腺癌、甲状腺非典型腺瘤偶尔阳性（<15%，≥5%的病例阳性）：
恶性黑色素瘤、前列腺腺泡性癌、肝细胞癌、膀胱尿路上皮癌、甲状腺滤泡性腺瘤、甲状腺间变性癌、滑膜肉瘤几乎全部阴性（<5%的病例阳性）：
结直肠腺癌、隆突性皮肤纤维肉瘤、平滑肌肉瘤，NOS、未分化多形性肉瘤、肾细胞癌、甲状腺结节性增生、化生性胸腺瘤，梭形细胞成分、胸腺化生性胸腺瘤，上皮成分、经典型霍奇金淋巴瘤、脑膜瘤，NOS、胚胎性癌、结直肠黏液性腺癌、甲状腺结节性乳头状增生