1、小细胞骨肉瘤(90%骨肉瘤肿瘤细胞及骨样基质阳性，46%的软骨肉瘤阳性，仅1.3%的尤文肉瘤阳性）的诊断；

2. Conner等研究显示所有的骨组织的骨肉瘤、成骨细胞瘤、骨样骨瘤、骨纤维发育不良均表达。此外，在89%（8/9）的骨外骨肉瘤以及83%（5/6）巨细胞瘤中表达。在异质性较大的肿瘤组织中，仅在成骨区域阳性表达。

3. 原发灶不明肿瘤的诊断，SATB2阳性提示下消化道（75%结直肠及80%以上的阑尾腺癌阳性，胰腺、胃、胆囊、卵巢、宫颈、宫内膜腺癌阴性）来源。