脊索瘤
普通型脊索瘤常表达上皮标记角蛋白（CK8及19）及EMA。 多数显示核转录因子T-brachyury阳性，亦可显示S100。 不同程度表达癌胚抗原及GFAP。
免疫组织化学染色有助于区别软骨肉瘤与脊索瘤（尤其小标本），软管肉瘤上皮标记（角蛋白及brachyury）阴性。
抗原表达情况：
| 几乎全部阳性（≥95%的病例阳性）： AE1/AE3、CAM 5.2、CK-PAN、EMA、HBME-1、Myoglobin、N-cadherin、Brachyury、CK19、CK8、Galectin-3、Vimentin |
| 通常阳性（<95%，≥75%的病例阳性）： androgen receptor、Cathepsin-K、met、P-4EBP1、p-AKT、PTEN、CK5、NSE、S100 |
| 经常阳性（<75%，≥55%的病例阳性）： 34bE12、COX-2、CK18 |
| 有时阳性（<55%，≥35%的病例阳性）： P53、vegfr2、CEA-P、CyclinD1、HMB45、TFE3 |
| 少数阳性（<35%，≥15%的病例阳性）： MITF、p-mTOR、p-S6RP、RCC、CD5、CD57、CK7、GFAP |
| 偶尔阳性（<15%，≥5%的病例阳性）： Collagen IV、CK20、Synaptophysin |
| 几乎全部阴性（<5%的病例阳性）： actin-HHF-35、BCL-2、CD20、CD271、CEA-M、ER、P16、PRP、CD34、CgA、CK-HMW、CK17、CK5/6、Desmin、E-cadherin、ERG、PAX2、Podoplanin、SOX10、SMA |
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