临床可见发热、午后及夜间盗汗，右上腹痛（放射至肩胛区或肩部，咳嗽、深吸气及用力时可加重），腹部压痛，肝肿大，体重减轻等。并发症可见脓肿破裂至腹腔及与其他器官或皮肤形成瘘，多数阿米巴肝脓肿无消化道症状。

实验室检测约50%以上可见碱性磷酸酶升高，转氨酶升高罕见，约90%以上可见白细胞增多。

大体上呈单个或多发性病变，常位于右叶，大小范围各异，少数可至> 20 cm，常呈不规则形状，可见显著纤维性包膜，坏死成分常比作“鱼酱”。

组织学上早期窦内可见滋养体、灶状坏死，中性粒细胞浸润伴水肿；后期可见坏死物质，大量的核碎屑但几乎没有完整的炎症细胞，微生物及单核细胞常见于前缘，最终形成纤维化及肉芽组织。微生物的形态呈泡沫状胞浆及清楚的胞膜，胞核染色质边集及中央的核仁。阿米巴病的基本特征是吞噬红细胞。

特殊染色 滋养体PAS及三色法染色呈阳性。

肿瘤  影像上类似阿米巴脓肿。

化脓性肝脓肿  常见大量中性粒细胞，吸引物的培养有助于鉴别。

巨噬细胞  呈CD68阳性，阿米巴的核更圆及染色质更边集、开放。

迪斯帕阿米巴  形态完全一致，但呈非侵袭性。

结肠小袋虫  大的纤毛伴肾形胞核。