临床上免疫功能健全的呈单核细胞增多症样（类似EB病毒），可见精神萎靡、发热及非典型淋巴细胞增多症；免疫功能缺陷患者临床表现各异，可见发热、萎靡、肌痛、关节痛、恶心及腹痛。移植受者症状常发生于器官移植后2周至4个月。先天性感染可无症状至严重感染伴黄疸、肝脾肿大、脑炎及视网膜脉络膜炎。

组织上细胞胞浆增多及胞核增大（正常的2-4倍），核内包涵体被增厚核膜形成的空晕分隔，胞浆内包涵体呈PAS及GMS阳性的嗜碱性或嗜双色颗粒。可见肝细胞、胆管上皮、内皮细胞及枯否细胞的改变。CMV包涵体可被免疫组织化学染色显示。

单核细胞增多症样改变，可见汇管区及窦内显著淋巴细胞浸润，病毒包涵体缺如，免疫组织化学染色可能不会有帮助。免疫功能抑制的患者出现典型CMV细胞改变（增大及包涵体），其他非特异性改变可见轻度小叶性肝炎、肝细胞坏死及片状汇管区单核细胞浸润，病毒包涵体可伴随中性粒细胞微脓肿或炎症。

先天性感染类似免疫功能抑制患者，部分显示新生儿肝炎样改变（胆汁淤积及肝细胞坏死）或类似胆道闭锁（胆管增生及汇管区纤维化），常见髓外造血。

EB病毒相关的小叶性肝炎  EBV异嗜性抗体阳性。

其他病毒性感染  如单纯疱疹病毒及水痘-带状疱疹病毒，免疫组织化学染色（HSV1/2及CMV）及或血清学检测有助于鉴别。

肝移植患者的移植排斥  无病毒包涵体，CMV免疫组织化学染色呈阴性。